Jag tycker också att det hela är ganska svårt att förklara, men följande är mina privata förklaringar för materialet, dock inte nödvändigtvis alltför genomtänkta (kommenterar i den ordning de står i ditt inlägg).
Kan också säga att jag generellt tycker att alkemidelen av nekromantin ska utökas, framför allt i form av fler reagenser. Esoterisk alkemi kan ursäkta mycket.
Till att börja med kan vi ju konstatera att det egentligen inte finns något som säger att kinetisk energi inte kan genereras nekrotropiskt - biotropi är en rent uppbyggande kraft, men biotropiska varelser har ändå en tendens att röra på sig.
(OT: att biotropi kan generera kinetisk energi är egentligen mindre logiskt, då det är nedbrytning, dvs. nektropins domän, som i vår värld frigör energi, medan uppbyggande dämmer upp den.)
Det enkla sättet är alltså att konstatera att inget motsäger att nekrotropi skulle kunna få saker att röra på sig (det är trots allt en livskraft, och den andra "vanliga" livskraften kan det), och konstatera att den alkemiska processen skapar ett nekrotropiskt fält som utvinner energi ur det magiska bakgrundsflödet på ett sätt motsvarande den övernaturliga förmågan som gör att man inte behöver mat.
Nekrotropin skapar sedan inte ett "sinne", den skapar en serie instinkter som kontrolleras genom ett (eventuellt psykotropiskt) band till skaparen enligt Beröringens lag (vars verkan förstärkts av reanimeringsprocessen).
Ämnet nekrotropiska förmågor vill jag helst inte beröra, eftersom det i min mening är det den mest tveksamma och troligen den sämsta delen i boken, men skulle jag förklara det vore det med kraftiga alkemiska processer i anknytning till filamenten.
Skuggan skulle jag säga behöver en autentisk, separat demonframmaning, och tillåts jag inte göra det skulle jag skylla på alkemin igen, i brist på bättre.
De unika vandöda (som dödsväktare (dock lite osäker på dem) och nekrofager) skapas genom Avgrunden (som är ett daimologiskt fenomen på andeplanet), vilken omvandlar den offrade psykotropin till daimotropi, och daimotropi kan bevisligen göra i stort sett vad som helst, och förklarar därmed alla underliga förmågor.
Slutligen: Nektromanti enligt mig inte en urkraft (det rimmar lite illa med Eon-känslan, imho), utan snarare ett erfarenhetsbaserat utnyttjande av ännu inte vetenskapligt undersökta naturlagar. Att nekromantin är en magiteoretisk paria har sett till att det förblivit så genom årtusendena, även om man i Danarth säkert hade utvecklade teorier och lagar om det, kunskap som förstördes under kronokraternas maktövertagande, eller gömdes undan i mörka valv i det gamla riket, som Kungagravarna i Soldarn.
Just det, vad gäller skelett har jag dragit samma slutsats som Bobby; bindväv och sådant lämnas kvar, men det påverkar inte utseendet så pass mycket att de ser ut som annat än just skelett.