Tja, det här ser jag nästan som en solklar GNS/Threefold-konflikt. Frågan är inte hur man ska göra, frågan är varför man vill göra på det sättet / hur man betraktar frågan.
Från ett gamistiskt perspektiv kan det vara värdefullt att spela NPC-NPC-konflikter med full mekanik för att så att säga demonstrera att spelare och spelledare lyder under samma regler; det är så att säga en del av spelet— men troligen är det inte så viktigt. Om fokus är på att utmana spelarna, finns det ingen anledning att spela ut situationer som inte utmanar spelarna—om inte spelarnas indirekta inblandning påverkar situationen, men då är det inte en ren NPC-NPC-konflikt längre.
Från ett simulationistiskt perspektiv kommer vi återigen till att det visar att världens "lagar" gäller för hela världen, inte bara för den del av världen som direkt påverkar spelarna; att det är världens "natur"lagar som styr utgången, inte spelledarens godtycke. I de flesta situationer skulle jag (när jag vill ta hänsyn till detta perspektiv) förmodligen nöja mig med ett motståndsslag/etc för relevanta färdigheter/bonusar/situationsmodifikationer utröna vem som "världen" (dvs slumpmomentet) bestämmer får övertaget, men låta SLs godtycke utforma beskrivningsdetaljer—fast det är då en (oundviklig, eftersom man aldrig kan ha så detaljistiska regler att de bestämmer precis allting) kompromiss mellan "simulationen" och den spelmässiga/dramatiska meta-frågan.
Från ett dramatistiskt/narrativistiskt perspektiv blir det en fråga om huruvida det förhöjer berättelsen (tempo, spänningsmoment, osv) att spela ut striden med regler. Gör det inte det, finns det heller ingen anledning att regelspela den (annat än som kompromiss med de andra två perspektiven).
Baserat på hur du formulerar dig i inlägget, känns det ju onekligen som att det är frågan om berättelsens tempo/fokus som är viktigast att ta hänsyn till, och då faller det sig följaktligen naturligt att inte regelspela.
Fast din fråga var "hur gör ni". Tja, i den D&D-kampanj jag spelleder just nu är det i huvudsak de gamistiska och dramatistiska perspektiven som är viktigast (i ungefär den prioriteringsordningen), så jag skulle generellt sett inte "regelspela" en ren NPC-NPC-konflikt. De gånger sådana konflikter har förekommit har det t ex varit att jag låter två mästare slåss (wuxia-inspirerad kampanj) för att visa för spelarna vem av dem som är hårdast, och då är det ju ingen tvekan om att det är just den hårdare som ska vinna, gärna efter att ha demonstrerat några av de tuffa knep som gör honom hård.
I andra kampanjer är det andra värden som prioriteras (just wuxia-kampanjen strider på många punkter mot vad jag egentligen tycker är roligast, men den ser ändå ut som den gör eftersom spelledarskap, som du (Krille) så ofta brukar säga, är ett service-yrke), och perspektivet på frågan blir därmed annorlunda, även om det slutgiltiga valet inte nödvändigtvis blir det. Som du kanske kan utläsa mellan raderna ligger generellt sätt det simulationistiska perspektivet mig närmare i själ och hjärta som verklighetsflyktare (det roliga är att det är en trovärdig främmande värld, inte att sakerna som händer i den nödvändigtvis alltid är de roligaste möjliga), än vad det kanske gör för många.
Det bästa med att vara SL är att man får spela fler än en rollperson!
;